Ngày 14/10/2025, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 94/2025/TT-BTC sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và sửa đổi, bổ sung một số mẫu biểu của Thông tư số 40/2021/TT-BTC ngày 01/6/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân và quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh.
Ảnh minh họa. Nguồn: Internet.
Trong đó đáng chú ý, Thông tư số 94/2025/TT-BTC đã sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 27 Thông tư 80/2021/TT-BTC về trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.
Theo quy định mới, cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế nêu tại khoản 1 Điều này (trừ trường hợp quy định tại điểm b khoản này).
Thuế tỉnh, thành phố nơi người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư của người nộp thuế.
Cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết của cơ sở kinh doanh khi giải thể, phá sản.
Trước đây, tại khoản 2 Điều 27 Thông tư số 80/2021/TT-BTC quy định như sau:
"Trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế
a) Cục Thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế nêu tại khoản 1 Điều này (trừ trường hợp quy định tại điểm b, c khoản này) đối với người nộp thuế do Cục Thuế quản lý trực tiếp và người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp.
Riêng các Cục Thuế thành phố Hà Nội, thành phố Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai, Cục trưởng Cục Thuế có thể phân công cho Chi cục Thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp và thực hiện giải quyết hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, bao gồm: phân loại hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước hoặc thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; xác định số thuế được hoàn; xác định số tiền thuế nợ, tiền phạt, tiền chậm nộp phải bù trừ với số thuế được hoàn; dự thảo Quyết định hoàn thuế hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có); sau đó Chi cục Thuế chuyển toàn bộ hồ sơ cho Cục Thuế để tiếp tục thực hiện hoàn thuế theo quy định tại Thông tư này.
b) Cục Thuế nơi người nộp thuế khai thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 11 Nghị định số 126/2020/NĐ-CP có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế đối với dự án đầu tư của người nộp thuế.
c) Cơ quan thuế quản lý trực tiếp có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động".
Như vậy, Thông tư 94/2025/TT-BTC đã làm rõ thẩm quyền giải quyết hồ sơ hoàn thuế, tránh chồng chéo giữa các cấp thuế. Việc hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư do Cục Thuế tỉnh/thành phố nơi khai thuế dự án đầu tư chịu trách nhiệm tiếp nhận, giải quyết. Trước đây chưa có quy định riêng. Đồng thời, bổ sung rõ trách nhiệm của cơ quan thuế quản lý trực tiếp đối với hoàn thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết khi giải thể, phá sản.
Bên cạnh đó, Thông tư cũng bãi bỏ khoản 3 Điều 36; khoản 2 Điều 38 quy định về bổ sung chỉ tiêu thông tin trên các mẫu biểu ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư số 40/2025/TT-BTC ngày 13/6/2025). Theo đó, bổ sung cụm từ “Định danh cá nhân” vào các trường thông tin chứa cụm từ “CMND”, “CCCD”, “Chứng minh nhân dân”, “Chứng minh thư”, “Căn cước công dân”, “Thẻ căn cước công dân”, “Thẻ căn cước”, “Giấy chứng minh nhân dân” tại các mẫu biểu ban hành kèm theo Thông tư số 80/2021/TT-BTC.
Bổ sung chỉ tiêu [02a] - Số định danh cá nhân tại Mẫu số 01/MGTH.
Bổ sung chỉ tiêu [05a] - Số định danh cá nhân tại Mẫu số 02/KK-TNCN, Mẫu số 02/QTT-TNCN, Mẫu số 04/CNV-TNCN, Mẫu số 04/ĐTV-TNCN, Mẫu số 04/NNG-TNCN, Mẫu số 03/TKTH-SDDPNN.
Về quy định chuyển tiếp, Thông tư quy định đối với hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của người nộp thuế do Chi cục Thuế (nay là Thuế cơ sở) quản lý trực tiếp được Chi cục Thuế (nay là Thuế cơ sở), Cục Thuế (nay là Thuế Tỉnh/Thành phố) tiếp nhận trước ngày 01/01/2025, mà đến nay chưa giải quyết xong do chờ kết quả trả lời, xác minh của cơ quan nhà nước có thẩm quyền thì cơ quan thuế đang xử lý hồ sơ này là cơ quan có trách nhiệm tiếp tục giải quyết.
