Cụ thể, Bộ Tài chính cho biết, Điều 72 Luật Quản lý thuế 2019 quy định: “Cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế (NNT) tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế đối với các trường hợp được hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế”; khoản 1 Điều 76 về thẩm quyền quyết định hoàn thuế đang quy định: “Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, Cục trưởng Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định việc hoàn thuế đối với trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế”.
Ảnh minh hoạ.
Quy định nêu trên đã phát sinh những vướng mắc trong công tác hoàn thuế đối với các doanh nghiệp lớn là các tập đoàn, tổng công ty do Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý. Điển hình như khi phát sinh yêu cầu hoàn thuế giá trị gia tăng, khối doanh nghiệp lớn này phải chuyển hồ sơ về Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quản lý để giải quyết thay vì Cục Thuế doanh nghiệp lớn xử lý. Điều này đã dẫn đến việc hoàn thuế đối với khối các doanh nghiệp lớn có những thời điểm bị chậm trễ.
Do đó, Bộ Tài chính cho rằng cần bổ sung thẩm quyền về hoàn thuế cho Cục Thuế doanh nghiệp lớn quản lý để từ đó tạo điền kiện thuận lợi trong xử lý hồ sơ hoàn thuế của khối doanh nghiệp lớn cùng các tổ chức, cá nhân có liên quan.
Tương tự đối với trường hợp NNT do Chi cục Thuế trực tiếp quản lý thì hồ sơ hoàn thuế do Chi cục Thuế tiếp nhận nhưng Chi cục trưởng Chi cục Thuế lại không có thẩm quyền quyết định hoàn thuế. Điều này đã phát sinh những bất cập khi phải ra quyết định hoàn thuế cho các hồ sơ hoàn thuế của NNT không thuộc Cục Thuế quản lý trong khi Chi cục Thuế là cơ quan thuế quản lý trực tiếp sẽ thực hiện kiểm tra tại trụ sở NNT để xác định số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ hết đủ điều kiện được hoàn và số thuế nộp thừa tại thời điểm chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động.
Để khắc phục những điểm bất cập, Bộ Tài chính đã đề xuất sửa đổi quy định về thẩm quyền quyết định hoàn thuế theo hướng bổ sung thêm thẩm quyền quyết định hoàn thuế của Cục trưởng Cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục trưởng Chi cục Thuế và Chi cục trưởng Chi cục Thuế khu vực. Theo đó, cơ quan thuế nào quản lý trực tiếp NNT sẽ có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ và trực tiếp giải quyết, quyết định hoàn thuế nhằm tạo điều kiện cho NNT được giải quyết hồ sơ hoàn thuế nhanh chóng.
